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 呼吸治療專業最早於1950年代在美國興起，1970年代以後，由於空氣的污染、人造物的增加、環境及生態的破壞，使得全世界呼吸道疾病的罹病率持續增加且病情轉趨嚴重，住院率和死亡率也隨著增高，台灣地區也不例外，故呼吸治療專業服務的需求也快速增加。早期，國內呼吸治療專業人員由各醫學中心的其他類醫事人經訓練後轉任，自1989年4月1日中華民國呼吸照護學會成立以後，於1994年起獲得行政院衛生署的經費補助，由該學會主辦，各大醫院協辦，舉行為期六個月的儲訓班，成為培育呼吸治療專業人員的唯一管道。有鑑於呼吸治療專業化的趨勢，本校在胡俊弘前校長的支持與小兒呼吸照護權威美國哥倫比亞大學翁仁田教授的協助下，林建煌及李宏模教授會同中華民國呼吸治療學會理事長朱家成呼吸治療師積極籌劃，經教育部通過，於2001年8月成立二年制呼吸治療在職進修班，由林建煌教授擔任第一屆系主任，成為繼長庚大學之後第二所成立呼吸治療在職進修班的大學；並與馬偕、台大、榮總、萬芳、三總等醫院建教合作，進行臨床實習。
    然而，兩年的專業訓練並不足以培育呼吸治療專業人才，立法院於2001年12月21日三讀通過呼吸治療師法，並由總統於2002年元月16日公佈，規定須領有呼吸治療專業相關科系的畢業證書者才有資格參加國家呼吸治療師的專技高考，也才能執業。為了提升病患呼吸照護的品質，呼吸治療師勢必走向專業正規教育體系，在此願景下，臺北醫學大學肩負全國民眾對醫療品質提升的期待，於2003年設立全國第一所大學部呼吸治療學系以來，在歷任主任的帶領下，使本學系走向更高品質及專業化的境地。期望未來充實更優秀的師資陣容，延攬各界優秀的呼吸治療師及願意投身於研究工作的專業人才，培養兼具醫療專業及人文素養的呼吸治療專才，本系全體教師生更瞭解自所肩負的重責大任，以擔任呼吸治療的神聖工作，更期盼各界能給予肯定及支持，我們將踏穩每一個腳步繼續往前邁進。